生物标志物在疾病早期筛查、分型诊断、个体化治疗和疗效监测中发挥着核心作用。随着临床研究日趋精细化，标志物筛选面临的技术门槛不断提高，尤其是在低丰度蛋白的准确识别与跨批次数据一致性方面。质谱是蛋白质组研究的基础工具，其中DDA（Data-Dependent Acquisition）模式由于其随机采集机制，存在覆盖度有限、重现性差的问题。而SWATH-MS（Sequential Window Acquisition of All Theoretical Mass Spectra）作为数据独立采集（DIA）技术的代表，凭借全面、无偏、稳定的采集方式，为高通量、可信赖的标志物发现提供了全新路径。

一、SWATH-MS：重新定义蛋白质组定量方式

SWATH-MS通过将m/z范围划分为多个连续窗口，在每个窗口内同时对所有前体离子进行碎裂和采集，完整记录碎片离子谱图。这种无选择性、系统性的采集方式解决了DDA中只关注强信号的偏倚问题，提升了蛋白质的检测深度和定量精度。其技术底层机制确保每一次实验都具备稳定、可重复、高覆盖率的数据输出，大幅提高了标志物研究中关键蛋白的检出概率与定量可信度。

二、技术优势总结：为何SWATH-MS适合标志物发现

1、全面采集，无盲区

SWATH-MS不会遗漏低丰度或弱信号肽段，保证对复杂样本中所有可检测离子的系统覆盖，避免重要生物学信息被采集策略所“屏蔽”。

2、高覆盖率，识别低丰度蛋白

对于临床早期诊断或微环境研究中表达变化细微的蛋白，SWATH-MS具备更强的定量灵敏度与识别能力，是低信号标志物挖掘的重要工具。

3、高通量，适配大样本设计

一次运行可定量上万个蛋白，适合多条件、多重复的大规模实验需求，缩短项目周期，提高数据利用效率。

4、重现性强，数据一致性好

统一的扫描策略显著提升批间一致性，确保来自不同时间、不同实验批次的数据具有可比性，尤其适合多中心标志物验证研究。

5、数据可追溯，可重分析

完整保存的碎片谱图支持数据反复挖掘，无需重新实验即可进行新的生物信息分析或模型训练，提升科研数据生命周期价值。

三。应用场景聚焦：SWATH-MS如何赋能标志物研究

1、疾病早期诊断

早期病变往往只涉及微弱蛋白表达变化，且多为低丰度信号。SWATH-MS可以在不牺牲通量的前提下，可靠识别出这些早期差异蛋白，是构建早筛面板的理想技术平台。

2、临床队列样本分析

大规模临床样本往往来源复杂、批次跨度大，DDA在此类项目中容易导致蛋白缺失率高。SWATH-MS的高重复性为稳定建库与差异分析提供强有力保障。

3、多组学联合研究

在与转录组、代谢组联合分析时，SWATH-MS提供的蛋白定量数据能有效支撑网络构建与通路还原，提升多维标志物组合的准确性与解读深度。

在蛋白质组学不断向“高通量、高准确、强转化”方向演进的今天，SWATH-MS通过改变采集逻辑，构建了一个更稳定、更全面的定量平台。其在生物标志物研究中的作用，已从“辅助工具”跃升为“核心基础设施”。百泰派克生物科技提供SWATH定量蛋白组学服务，涵盖样本处理、质谱采集与数据分析全过程。如果您正致力于开展相关研究，欢迎联系我们，获取个性化技术支持。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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